Johannes Ebner schloss im Jahr 2010 seine Ausbildung zum Steuerfachangestellten in einer Steuerkanzlei in Rostock ab. Im Anschluss absolvierte er ein duales Studium bei der Freien und Hansestadt Hamburg und durchlief in diesem Rahmen seine praktische Ausbildung beim Finanzamt Hamburg-Barmbek-Uhlenhorst. Das Studium schloss er 2013 als Dipl.-Finanzwirt (FH) ab.
Anschließend war Johannes Ebner zunächst als Sachbearbeiter in einer Einkommensteuer-Dienststelle und später mehrere Jahre in der Betriebsprüfung des Finanzamts Hamburg-Hansa tätig.
Während dieser Zeit absolvierte er berufsbegleitend den Master of International Taxation (M.I.Tax) am International Tax Institute der Universität Hamburg und legte im Jahr 2016 das Steuerberaterexamen ab.
Nach seinem Ausscheiden aus der Finanzverwaltung war Johannes Ebner bei der Wirtschaftskanzlei Möhrle Happ Luther tätig und trat im Jahr 2018 als Teamleiter in die Kanzlei RUGE FEHSENFELD ein. Im Jahr 2021 wurde ihm von der Steuerberaterkammer Hamburg die Bezeichnung „Fachberater für Internationales Steuerrecht“ verliehen.
Johannes Ebner berät insbesondere Unternehmen und Unternehmer in allen steuerlichen Belangen, mit einem besonderen Schwerpunkt auf grenzüberschreitenden Sachverhalten. Zudem berät er Mandanten zur steuerlichen Behandlung von Kryptowährungsgeschäften. Im Jahr 2023 wurde ihm der Titel „Zertifizierter Berater für Kryptowerte und Steuern (WIRE)“ vom Institut für Angewandtes Wirtschaftsrecht verliehen. Im Jahr 2025 schloss er außerdem den Kurs zum Certified Crypto Finance Expert (CCFE) in Zürich erfolgreich ab.
Seit Juli 2023 ist Johannes Ebner Partner bei RUGE FEHSENFELD. Seit 2026 ist er darüber hinaus Mitglied der Prüfungskommission der Steuerberaterkammer Hamburg für die Steuerfachangestelltenprüfung. Zudem ist er als Dozent tätig, beispielsweise an der BSP Business & Law School, und veröffentlicht gelegentlich Fachaufsätze, unter anderem in den Fachzeitschriften DStR und InsbürO.